紅河學院下設有13個學院和1個思想政治理論教研部，擁有53個本科專業(yè)，涵蓋了文、史、法、理、工、農、經、管、教、藝等10個學科門類。學校以自然科學和人文學科等基礎學科為骨干，開設了服務區(qū)域經濟建設和社會發(fā)展，有利于推動國際合作的工學、經濟學、管理學、農學和東南亞語言等應用型專業(yè)，形成了門類齊全的學科專業(yè)體系。
13個學院包括：人文學院、政治學院、理學院、工學院、生命科學與技術學院、商學院、教師教育學院、國際學院、數學學院、體育學院、外國語學院、音樂學院、美術學院。
